Klasztor w Nowym Mieście nad Pilicą fundował wojewoda rawski Kazimierz Granowski. Zaproponował on kapucynom nową fundację w 1762 r., co aprobował 14 V 1762 abp gnieźnieński i prymas Polski, Władysław Łubieński, a fundator 7 VI 1762 urzędowo przekazał zakonowi plac pod budowę. Wznoszenie kościoła trwało w l. 1780-1786; z powodu rozbiorów Polski i wojen napoleońskich budynki pozostały niewykończone (w kościele nie było zrazu bocznych kaplic), a konsekracja świątyni klasztornej mogła nastąpić dopiero w XIX w. Dopełnił jej l X 1815 bp Franciszek Kajetan Zambrzycki, administrator diecezji warszawskiej. Kościół nosi wezwanie św. Kazimierza.
Przy klasztorze zbudowano też sukiennicę, która w XVIII i XIX w. zaopatrywała wszystkie klasztory Prowincji w sukno habitowe. Klasztor był miejscem sześciu kapituł prowincjalnych. Podczas wielkiej kasaty klasztorów przeprowadzonej nocą z 27 na 28 XI 1864 r. klasztor w Nowym Mieście został uznany za tzw. klasztor etatowy (mający prawo istnienia). Gwardianem jego był wówczas o. Leander Lendzian, spowiednik i kierownik duchowy bł. Franciszki Siedliskiej, założycielki Zgromadzenia Sióstr Nazaretanek, mieszkającej wówczas w Roszkowej Woli i w Żdżarach.
W 1867 r. przywieziono do Nowego Miasta zakonników ze skasowanego klasztoru w Lubartowie, a w 1892 r. – z klasztoru w Zakroczymiu. Bracia przybyli z Zakroczymia przywieźli ze sobą liczne sprzęty z tamtejszego kościoła i klasztoru, m.in. krzyż znajdujący się obecnie w kaplicy Pana Jezusa Ukrzyżowanego, konfesjonał o. Honorata Koźmińskiego, figury czterech ewangelistów, liczne portrety. O. Benwenuty Mettler, utalentowany rzeźbiarz, wykonał szereg prac w kościele i zakrystii, m.in. rzeźbione drzwi pomiędzy zakrystią i chórem zakonnym, umeblowanie zakrystii, tabernakulum w głównym ołtarzu, ołtarz w kaplicy bocznej.
W klasztorze znajdują się liczne portrety i obrazy z XVIII-XIX w., przywiezione do Nowego Miasta z innych klasztorów kapucyńskich po kasacie. W krypcie kościoła zostali pochowani wybitni zakonnicy z XIX w.: wspomniany już Benwenuty Mettler, Prokop Leszczyński, Bernard Gratowski, Rafał Mazurkiewicz, Franciszek Szymanowski, Hieronim Krześniak. Dzięki ich pracy klasztor nowomiejski stał się w II połowie XIX w. promieniującym ośrodkiem apostolskim, zwłaszcza w zakresie kaznodziejstwa i spowiednictwa, ściągającym rzesze wiernych.
Zorganizowano w latach 1957-1960 Bibliotekę Warszawskiej Prowincji Kapucynów, w której pomieszczono około 10.000 starodruków i rękopisów bibliotecznych, oraz około 25.000 druków nowych, a także Archiwum Warszawskiej Prowincji Kapucynów, w którym znalazły się ocalałe akta kancelarii prowincjalnej i poszczególnych klasztorów od XVIII w. do czasów współczesnych. Oba zbiory (biblioteka i archiwum) powstały i zostały skatalogowane dzięki pracy o. Ambrożego Jastrzębskiego oraz br. Ireneusza Mianowskiego. W 1994 r. zostały one przeniesione do Centrum Duchowości „Honoratianum” w Zakroczymiu.
Gmach wrócił w ręce zakonu w 1982 r. i od tego czasu ponownie mieści się w nim nowicjat. W latach 1996-1997 cały klasztor przeszedł kapitalny remont i przebudowę wnętrz. Na prośbę ordynariusza łowickiego, bpa Alojzego Orszulika, Prowincja nasza 17 VIII 1992 r. przejęła opiekę duszpasterska nad parafią p.w. Opieki Najświętszej Maryi Panny w Nowym Mieście nad Pilicą i sprawowała ją do 25 VI 1996. W ciągu tego czasu obowiązek proboszcza sprawował o. Gerard Iwanicki. Od 2001 r. mieści się tu sanktuarium bł. Honorata Koźmińskiego.
Charakter obecności: klasztor, duszpasterstwo w kościele własnym, duszpasterstwo sióstr zakonnych (msze święte, spowiedź, dni skupienia, rekolekcje), duszpasterstwo w szpitalu, wyjazdy z kazaniami i spowiedzią, asystencja duchowa Franciszkańskiego Zakonu Świeckich, Ruchu Światło-Życie, Odnowy w Duchu Świętym, Grupy Modlitwy św. Ojca Pio, Rycerstwie Niepokalanej. Asystencja wspólnocie męskiej Droga Odważnych. Katecheza w Specjalnym Ośrodku Szkolno-Wychowawczym.